MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia muridarum Nigg

Total Repeats: 21270

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002620	GAA	2	6	297	302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834626
2	NC_002620	TGC	2	6	313	318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15834626
3	NC_002620	AAG	2	6	384	389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834626
4	NC_002620	GAA	2	6	404	409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834626
5	NC_002620	A	6	6	527	532	100 %	0 %	0 %	0 %	15834626
6	NC_002620	GCATC	2	10	551	560	20 %	20 %	20 %	40 %	15834626
7	NC_002620	TTGT	2	8	570	577	0 %	75 %	25 %	0 %	15834626
8	NC_002620	A	6	6	596	601	100 %	0 %	0 %	0 %	15834626
9	NC_002620	TG	4	8	615	622	0 %	50 %	50 %	0 %	15834626
10	NC_002620	T	6	6	672	677	0 %	100 %	0 %	0 %	15834626
11	NC_002620	ACA	2	6	678	683	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834626
12	NC_002620	TGCA	2	8	735	742	25 %	25 %	25 %	25 %	15834626
13	NC_002620	TTG	2	6	759	764	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834626
14	NC_002620	ATG	2	6	776	781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834626
15	NC_002620	A	6	6	807	812	100 %	0 %	0 %	0 %	15834626
16	NC_002620	TC	3	6	844	849	0 %	50 %	0 %	50 %	15834626
17	NC_002620	TTC	2	6	901	906	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834626
18	NC_002620	AGG	2	6	993	998	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834626
19	NC_002620	CTG	2	6	1023	1028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15834626
20	NC_002620	TTTA	2	8	1032	1039	25 %	75 %	0 %	0 %	15834626
21	NC_002620	AGT	2	6	1078	1083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834626
22	NC_002620	GCC	2	6	1121	1126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15834626
23	NC_002620	ATGG	2	8	1134	1141	25 %	25 %	50 %	0 %	15834626
24	NC_002620	AAG	2	6	1149	1154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834626
25	NC_002620	GCTA	2	8	1240	1247	25 %	25 %	25 %	25 %	15834626
26	NC_002620	TTTC	2	8	1320	1327	0 %	75 %	0 %	25 %	15834627
27	NC_002620	CTT	2	6	1344	1349	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
28	NC_002620	TCT	2	6	1406	1411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
29	NC_002620	CTT	2	6	1443	1448	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
30	NC_002620	TAA	2	6	1473	1478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15834627
31	NC_002620	GAA	2	6	1594	1599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834627
32	NC_002620	AG	3	6	1603	1608	50 %	0 %	50 %	0 %	15834627
33	NC_002620	TC	3	6	1662	1667	0 %	50 %	0 %	50 %	15834627
34	NC_002620	GAA	2	6	1683	1688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834627
35	NC_002620	TATGG	2	10	1693	1702	20 %	40 %	40 %	0 %	15834627
36	NC_002620	TCT	2	6	1727	1732	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
37	NC_002620	GAAGA	2	10	1787	1796	60 %	0 %	40 %	0 %	15834627
38	NC_002620	TTG	2	6	1894	1899	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834627
39	NC_002620	AG	3	6	1936	1941	50 %	0 %	50 %	0 %	15834627
40	NC_002620	CTT	2	6	1944	1949	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
41	NC_002620	ATG	2	6	1999	2004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834627
42	NC_002620	TGTA	2	8	2047	2054	25 %	50 %	25 %	0 %	15834627
43	NC_002620	AG	3	6	2089	2094	50 %	0 %	50 %	0 %	15834627
44	NC_002620	CAA	2	6	2157	2162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834627
45	NC_002620	TAA	2	6	2168	2173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15834627
46	NC_002620	TCT	2	6	2177	2182	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
47	NC_002620	TAA	2	6	2247	2252	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15834627
48	NC_002620	CTT	2	6	2325	2330	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
49	NC_002620	T	6	6	2329	2334	0 %	100 %	0 %	0 %	15834627
50	NC_002620	T	8	8	2408	2415	0 %	100 %	0 %	0 %	15834627
51	NC_002620	CGA	2	6	2479	2484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15834627
52	NC_002620	TGA	2	6	2487	2492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834627
53	NC_002620	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834627
54	NC_002620	T	8	8	2735	2742	0 %	100 %	0 %	0 %	15834628
55	NC_002620	T	7	7	2748	2754	0 %	100 %	0 %	0 %	15834628
56	NC_002620	TGGGAG	2	12	2775	2786	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	15834628
57	NC_002620	CTT	2	6	2820	2825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834628
58	NC_002620	TCTT	2	8	2843	2850	0 %	75 %	0 %	25 %	15834628
59	NC_002620	TTG	2	6	2959	2964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834628
60	NC_002620	T	6	6	3000	3005	0 %	100 %	0 %	0 %	15834628
61	NC_002620	GAAG	2	8	3067	3074	50 %	0 %	50 %	0 %	15834628
62	NC_002620	AGAA	2	8	3097	3104	75 %	0 %	25 %	0 %	15834628
63	NC_002620	T	6	6	3126	3131	0 %	100 %	0 %	0 %	15834628
64	NC_002620	ATT	2	6	3139	3144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834628
65	NC_002620	ATC	2	6	3303	3308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15834629
66	NC_002620	T	7	7	3316	3322	0 %	100 %	0 %	0 %	15834629
67	NC_002620	CGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15834629
68	NC_002620	A	6	6	3387	3392	100 %	0 %	0 %	0 %	15834629
69	NC_002620	AAC	2	6	3456	3461	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834629
70	NC_002620	GAA	2	6	3473	3478	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
71	NC_002620	ACA	2	6	3515	3520	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834629
72	NC_002620	TTA	2	6	3533	3538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834629
73	NC_002620	AAG	2	6	3560	3565	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
74	NC_002620	AAG	2	6	3588	3593	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
75	NC_002620	TGCTT	2	10	3652	3661	0 %	60 %	20 %	20 %	15834629
76	NC_002620	GGA	2	6	3698	3703	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834629
77	NC_002620	GA	3	6	3714	3719	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
78	NC_002620	TTTC	2	8	3729	3736	0 %	75 %	0 %	25 %	15834629
79	NC_002620	CAG	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15834629
80	NC_002620	TTG	2	6	3753	3758	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834629
81	NC_002620	A	7	7	3826	3832	100 %	0 %	0 %	0 %	15834629
82	NC_002620	AGG	2	6	3987	3992	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834629
83	NC_002620	TGG	2	6	4004	4009	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15834629
84	NC_002620	GAA	2	6	4030	4035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
85	NC_002620	CTT	2	6	4059	4064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834629
86	NC_002620	TTTC	2	8	4098	4105	0 %	75 %	0 %	25 %	15834629
87	NC_002620	CTT	2	6	4122	4127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834629
88	NC_002620	CTT	2	6	4161	4166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834629
89	NC_002620	AG	3	6	4281	4286	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
90	NC_002620	TTA	2	6	4292	4297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834629
91	NC_002620	AGA	2	6	4407	4412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
92	NC_002620	ACA	2	6	4478	4483	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834629
93	NC_002620	TTC	2	6	4494	4499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834629
94	NC_002620	ATTG	2	8	4519	4526	25 %	50 %	25 %	0 %	15834629
95	NC_002620	TGTT	2	8	4602	4609	0 %	75 %	25 %	0 %	15834629
96	NC_002620	GTT	2	6	4612	4617	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834629
97	NC_002620	AGT	2	6	4624	4629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834629
98	NC_002620	AGGA	2	8	4664	4671	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
99	NC_002620	GCTA	2	8	4687	4694	25 %	25 %	25 %	25 %	15834629
100	NC_002620	TGGC	2	8	4719	4726	0 %	25 %	50 %	25 %	15834629
101	NC_002620	A	6	6	4748	4753	100 %	0 %	0 %	0 %	15834629
102	NC_002620	TAT	2	6	4842	4847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834629
103	NC_002620	TGG	2	6	5022	5027	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15834629
104	NC_002620	AG	3	6	5072	5077	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
105	NC_002620	GAA	2	6	5123	5128	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
106	NC_002620	GTTG	2	8	5204	5211	0 %	50 %	50 %	0 %	15834629
107	NC_002620	GTT	2	6	5216	5221	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834629
108	NC_002620	GA	3	6	5346	5351	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
109	NC_002620	GAA	2	6	5368	5373	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
110	NC_002620	CTT	2	6	5621	5626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834630
111	NC_002620	TC	3	6	5627	5632	0 %	50 %	0 %	50 %	15834630
112	NC_002620	ATTCT	2	10	5636	5645	20 %	60 %	0 %	20 %	15834630
113	NC_002620	AAG	2	6	5666	5671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834630
114	NC_002620	AATT	2	8	5688	5695	50 %	50 %	0 %	0 %	15834630
115	NC_002620	CGAG	2	8	5712	5719	25 %	0 %	50 %	25 %	15834630
116	NC_002620	A	6	6	5720	5725	100 %	0 %	0 %	0 %	15834630
117	NC_002620	GGA	2	6	5734	5739	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834630
118	NC_002620	T	6	6	5770	5775	0 %	100 %	0 %	0 %	15834630
119	NC_002620	TGA	2	6	5778	5783	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834630
120	NC_002620	T	7	7	5822	5828	0 %	100 %	0 %	0 %	15834630
121	NC_002620	GCT	2	6	5839	5844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15834630
122	NC_002620	TGG	2	6	5895	5900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15834630
123	NC_002620	TCT	2	6	5941	5946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834630
124	NC_002620	T	6	6	5999	6004	0 %	100 %	0 %	0 %	15834630
125	NC_002620	CTA	2	6	6036	6041	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15834630
126	NC_002620	A	8	8	6050	6057	100 %	0 %	0 %	0 %	15834630
127	NC_002620	CTT	2	6	6107	6112	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834630
128	NC_002620	TTG	3	9	6126	6134	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834630
129	NC_002620	ATT	2	6	6181	6186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834630
130	NC_002620	TAT	2	6	6189	6194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834630
131	NC_002620	CTTT	2	8	6215	6222	0 %	75 %	0 %	25 %	15834630
132	NC_002620	TAG	2	6	6254	6259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834630
133	NC_002620	TTG	2	6	6308	6313	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834630
134	NC_002620	GTA	2	6	6323	6328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834630
135	NC_002620	T	6	6	6361	6366	0 %	100 %	0 %	0 %	15834630
136	NC_002620	GTT	2	6	6370	6375	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834630
137	NC_002620	CTTT	2	8	6406	6413	0 %	75 %	0 %	25 %	15834630
138	NC_002620	GAA	2	6	6547	6552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834630
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140	NC_002620	T	6	6	6628	6633	0 %	100 %	0 %	0 %	15834630
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175	NC_002620	TA	3	6	7916	7921	50 %	50 %	0 %	0 %	532164369
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270	NC_002620	CAT	2	6	11652	11657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15834633
271	NC_002620	AAGA	2	8	11731	11738	75 %	0 %	25 %	0 %	15834633
272	NC_002620	AGAT	2	8	11779	11786	50 %	25 %	25 %	0 %	15834633
273	NC_002620	GTA	2	6	11866	11871	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834633
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275	NC_002620	TTCTC	2	10	11939	11948	0 %	60 %	0 %	40 %	15834633
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281	NC_002620	GAA	2	6	12092	12097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834633
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401	NC_002620	A	7	7	18005	18011	100 %	0 %	0 %	0 %	15834637
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409	NC_002620	TA	3	6	18357	18362	50 %	50 %	0 %	0 %	15834637
410	NC_002620	CTT	2	6	18391	18396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834637
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412	NC_002620	TTTCTC	2	12	18463	18474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834637
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